El Templo de las Tres Ventanas se ubica al oriente de la plaza principal, tiene una gran planta rectangular y el nombre se debe a que en la parte matriz existen tres hermosas ventanas más dos vanos ciegos. El templo se encuentra en la parte baja del sector residencial Urin.
El tipo arquitectónico desarrollado en este recinto juntamente con el templo principal es el más impresionante de todo Machu Picchu: son enormes poliedros finamente esculpidos y unidos con milimétrica precisión.
El Templo de las Tres ventanas, es un edificio imponente por los grandes bloques de piedra que se usaron para su construcción, los cuales se pulieron y encajaron fina y perfectamente uno con el otro. El edificio es de forma rectangular y sólo posee tres ventanas, se dejó abierto el lado que da a la plaza dónde se agrupan una serie de bloques, los cuáles parecen haber servido como una columna las ventanas indicaban la localización exacta de la salida del sol. El techo es sostenido mediante una columna de piedra y el templo acoge una piedra tallada con grabados que representan los tres niveles en los que la civilización inca dividía al mundo andino: el cielo o espiritualidad (Hanan-Pacha), la superficie terrestre o lo mundano (Kay-Pacha) y el subsuelo o vida interior(Ukju-Pacha).
El Templo de las Tres Ventanas aún conserva los nombres grabados en piedra del arrendatario Agustín Lizárraga y tres de sus compañeros Gabino Sánchez, Enrique Palma y Justo Ochoa, grabados que fueron realizados en el 14 de julio de 1902. Por ello, no cabe duda alguna de que el Templo de las Tres Ventanas ha contribuido a conocer la historia de esta ciudad enormemente.